한국 자회사 회계·세무 대리인 교체 — 언제 바꾸고 무엇을 넘겨받나

1언제 바꾸는 것이 좋은가?

가장 깔끔한 기준일은 부가가치세 과세기간의 첫날, 즉 1월 1일이나 7월 1일입니다. 부가가치세는 1~6월, 7~12월 두 과세기간으로 나뉘고 확정신고는 과세기간이 끝난 뒤 25일 이내인 7월 25일과 1월 25일까지입니다(부가가치세법 제5조·제49조). 법인은 대부분 1~3월, 7~9월분 예정신고도 4월 25일과 10월 25일까지 합니다(같은 법 제48조). 과세기간 경계에서 바꾸면 신고서 하나에 두 대리인의 장부가 섞이지 않습니다.

그다음에는 기준일에 걸친 신고를 누가 할지 정합니다. 1월 1일에 바꾸면 지난해 귀속 신고가 교체 뒤에 몰립니다.

원천세는 징수한 달의 다음 달 10일까지 냅니다(소득세법 제128조제1항). 연말정산은 다음 연도 2월분 급여를 줄 때 하고 근로소득 지급명세서는 3월 10일까지 냅니다(같은 법 제137조·제164조). 법인세는 사업연도가 끝나는 달의 말일부터 3개월 안에 신고하고(법인세법 제60조제1항), 중간예납은 사업연도 개시 후 6개월이 지난 날부터 2개월 안에 냅니다(같은 법 제63조). 기한이 주말·공휴일이면 다음 날로 밀립니다.

연말정산과 법인세 신고가 겹치는 2~3월에는 현재 대리인에게 뚜렷한 문제가 없는 한 바꾸지 않는 편이 낫습니다. 지금 결정한다면 2027년 1월 1일 기준일이 현실적입니다.

2새 대리인은 홈택스 권한을 어떻게 받나?

새 대리인이 홈택스에서 회사를 수임납세자로 등록하고 회사가 동의하면 됩니다. 대리인은 회사의 사업자등록번호와 연락처를 입력하고 세무정보 이용 동의서를 받아 보관합니다. 회사는 인증서로 온라인 동의하거나 세무서에 서면으로 신청합니다(국세청 「홈택스 이용에 관한 규정」 제55조). 동의가 끝나면 대리인은 전자세금계산서, 신용카드 매출, 고지·환급·체납 내역 등을 조회할 수 있습니다(같은 규정 제54조).

이전 대리인에게는 수임 해지를 요청하고 홈택스 「나의 세무대리정보 관리」에서 아직 권한이 남은 대리인이 있는지 확인하세요. 법인 인증서와 홈택스 계정은 대리인이 아니라 회사가 관리해야 합니다.

새 사무소가 세무대리 등록을 했는지도 확인하세요. 공인회계사는 공인회계사 세무대리업무등록부에 등록해야 합니다(세무사법 제20조의2). 외부세무조정 대상 법인이라면 세무조정계산서를 지정 조정반 소속이 작성해야 합니다(법인세법 제60조제9항).

3무엇을 넘겨받아야 하나?

재무제표만이 아니라 장부를 이어 쓰고 지난 신고를 방어하는 데 필요한 자료 전부입니다. 신고서는 홈택스에서 회사가 직접 내려받을 수 있지만, 원장·조정 내역·작업 자료는 보통 이전 대리인에게만 있습니다.

2020년 1월 1일 이후 개시한 사업연도의 결손금은 15년, 그 전 결손금은 종전대로 10년 동안 공제됩니다(법인세법 제13조제1항, 법률 제17652호 부칙 제4조·제15조). 통합기업보고서·개별기업보고서는 매출액 1천억원 초과이면서 국외특수관계인과의 거래 규모가 500억원을 넘으면 내야 합니다. 기한은 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 12개월 안입니다(국제조세조정에 관한 법률 제16조, 같은 법 시행령 제34조).

4새 대리인은 무엇부터 점검하나?

마지막 신고서와 기초 잔액부터 맞춘 뒤 아직 열려 있는 연도에서 문제를 찾습니다.

• 자본금과 적립금 조정명세서(을)의 기말 잔액을 장부와 대사합니다. 잔액이 틀리면 이후 신고가 모두 틀어집니다.
• 이월결손금을 발생 연도와 공제 만료 연도별로 정리합니다. 신고·결정·경정된 과세표준에 포함된 결손금만 공제됩니다(법인세법 제13조제1항).
• 누락·오류 신고를 찾습니다. 수정신고를 하면 과소신고가산세가 법정신고기한 후 1개월 안이면 90%, 1년 6개월 초과 2년 이내면 10% 감면됩니다. 경정할 것을 미리 알고 낸 수정신고는 감면되지 않습니다(국세기본법 제48조제2항).
• 더 낸 세금을 찾습니다. 경정청구는 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 할 수 있습니다(같은 법 제45조의2제1항).
• 국제거래명세서와 이전가격 문서를 기한 안에 냈는지 확인합니다.

5외부감사 대상이면 달라지는 것이 있나?

있습니다. 외부감사를 받는 회사는 감사인에게 장부 작성을 맡길 수 없습니다. 감사인과 소속 공인회계사는 재무제표를 대신 작성하거나 관련 회계처리 자문을 해서는 안 됩니다(주식회사 등의 외부감사에 관한 법률 제6조제6항).

주권상장법인과 상장 예정 법인, 그리고 직전 사업연도 말 자산총액이나 매출액이 500억원 이상인 회사는 감사 대상입니다. 자산 120억원, 부채 70억원, 매출액 100억원, 종업원 100명 이상 가운데 2개 이상에 해당해도 대상입니다(같은 법 제4조제1항, 같은 법 시행령 제5조제1항). 500억원 기준에 못 미치는 유한회사는 여기에 사원 50명 이상을 더한 5개 중 3개 이상이어야 합니다(같은 법 시행령 제5조제2항).

감사인은 사업연도 개시일부터 45일 안에, 직전 사업연도에 감사를 받지 않았다면 4개월 안에 선임합니다(같은 법 제10조). 감사가 늦어지면 신청해서 법인세 신고기한을 1개월 범위에서 연장할 수 있습니다(법인세법 제60조제7항).

6교체 후 장부는 얼마나 보관하나?

장부와 증빙은 법정신고기한이 지난 날부터 5년, 역외거래는 7년 보관합니다(국세기본법 제85조의3제2항). 결손금이 생긴 연도의 자료는 더 오래 남겨 두어야 합니다. 그 결손금을 나중에 공제하면, 공제한 연도의 법정신고기한부터 1년까지 결손금 발생 연도의 부과제척기간이 남기 때문입니다(같은 법 제26조의2제3항). 이 의무는 대리인이 바뀌어도 회사에 남으니 사본을 직접 보관하세요.

자주 놓치는 점

• 기준일을 정하지 않아 두 대리인이 서로 상대가 신고할 줄 아는 경우
• 재무제표만 받고 자본금과 적립금 조정명세서(을)와 이월결손금 명세를 받지 않은 경우
• 이전 대리인의 홈택스 권한이나 법인 인증서를 그대로 둔 경우
• 인수 과정에서 국외특수관계인 거래·이전가격 자료가 빠진 경우

자주 묻는 질문

작성일 현재 시행 중인 법령을 기준으로 썼습니다. 시행 예정 개정은 본문에 적었고, 실제 적용은 개별 사실관계에 따라 달라질 수 있습니다.

출처: 국가법령정보센터 — 법인세법 · 국가법령정보센터 — 부가가치세법 · 국가법령정보센터 — 소득세법 · 국가법령정보센터 — 국세기본법 · 국가법령정보센터 — 국제조세조정에 관한 법률 · 국가법령정보센터 — 국제조세조정에 관한 법률 시행령 · 국가법령정보센터 — 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률 · 국가법령정보센터 — 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률 시행령 · 국가법령정보센터 — 세무사법 · 국가법령정보센터 — 홈택스 이용에 관한 규정(국세청고시 제2026-3호) · 국세청 홈택스